Progetto cytocloud: proposta di Tesi

Ciao a tutti,

Lavoro come bioinformatico allo IEO (ieo.eu) ed alcuni mesi fa ho
attivato un “side project” riguardante un sistema di classificazione di
campioni citologici (ovvero di campioni di cellule)

Provo a spiegarmi:

Una giovane studentessa americana molto brillante, Brittany Wenger , ha
sviluppato,in collaborazione con google app engine, un classificatore a
reti neurali (http://cloud4cancer.appspot.com/) in grado di classificare
correttamente il 99% dei campioni citologici per tumore alla mammella.
In altre parole e’ in grado, a partire da un set di features, di
determinare se il campione e’ tumorale o normale.
Vista l’importanza dell’argomento e la precisione del classificatore il
progetto ha vinto numerosi premi (Es: Google Science Fair Grand Prize) e
Brittany ha parlato della sua ricerca alle conferenze TED.

Qui allo IEO (Istituto Europe di Oncologia) ho cominciato a sviluppare,
in collaborazione con il Dott. Giuseppe Renne (Citologo), un piccolo web
server che permetta lo storage in database di una serie di “referti”
citologici da classificare via REST con la rete neurale di Brittany.
L’idea e’ di usarlo per raccogliere una serie di casi dubbi (circa 500
casi per ora) che “mettano in difficolt” il classificatore, in modo da
capire come si comporta in casi che sono difficili anche per un citologo
navigato. Brittany ci ha gia’ citato come suoi collaboratori alla
conferenza TED e noi abbiamo pronto il prototipo e possiamo cominciare,
a breve, a raccogliere i dati. Secondo me, e’ decisamente un progetto
stimolante!

L’applicativo (fatto in rails) e’ online su un mio server personale:
http://cytocloud.tucanosoftware.com/

E’ molto semplice, ma contiene il necessario per “espandersi” in
qualcosa di pi completo:

  • rails 3.2.11 e ruby 1.9
  • autenticazione con Devise
  • RSpec (TDD)
  • Template twitter bootstrap

Ora sto cercando uno studente di informatica/bioinformatica che abbia
voglia di collaborare al progetto per la sua Tesi.
Cerco ovviamente una persona che abbia voglia di sviluppare con ruby e
rails (per questo scrivo alla lista).

Una TODO list di quello che c’e da fare (per ora):

  • Seguire la raccolta dati

  • I18n

  • Modifiche varie (gia’ richieste) alla attuale interfaccia

  • Statistiche sui dati raccolti e visualizzazione

  • Interfaccia per inserimento dati (da migliorare)

  • Remote call al server cloud4cancer (da migliorare)

  • In generale: seguire questo picco prototipo fino alla versione finale
    ed all’eventuale pubblicazione.

  • Generalizzazione del classificatore: cloud4cancer funziona per tumori
    alla mammella, ma nulla ci vieta di applicare lo stesso principio ad
    altri tipi di campioni citologici (Es: tumori alla tiroide)

I punti forti di questo progetto:

  • E’ un progetto in ambito medico/bioinformatico: un campo in espansione
    e, specialmente per quanto riguarda la ricerca sul cancro, anche ben
    finanziato.
  • Il progetto e’ in collaborazione con Medici e Ricercatori
    internazionali.
  • L’app e’ in RubyOnRails, quindi ci divertiamo :slight_smile:

Sono un PhD (Ricercatore post dottorato) nel laboratorio di Molecular
Medicine dello IEO nel gruppo di Salvatore Pece, ed Il progetto
cytocloud e’ fatto in collaborazione con Giuseppe Renne (vicedirettore
di anatomia patologica qui alla IEO).

Ora come ora posso offrire al tesista giusto i pasti pagati quando viene
qui all IEO, ma sto scrivendo un grant per chiedere un finanziamento, se
entrano i soldi si pu pensare anche ad una borsa di studio post-tesi per
continuare il progetto.

Se avete amici/studenti/professori interessati vi prego di contattarmi

Grazie

Davide R.

Complimenti e in bocca al lupo.

Pensi che l’istituto prenda in considerazione di aprire il sorgente?
Vista l’importanza del progetto sarebbe bello se fosse completamente
aperto.

Pensi che l’istituto prenda in considerazione di aprire il sorgente? Vista
l’importanza del progetto sarebbe bello se fosse completamente aperto.

Beh, direi di si! Il codice e’ mio e alla fine decido io :slight_smile:

Ma rimane prioritario trovare qualcuno che mi aiuti (io sono sotto con
una libreria di analisi in R e non riesco a stare dietroa cytocloud).

Per chi ha contatti con l’universita’: se sapete indicarmi un professore
che puo essere interessato a metterci uno studente in Tesi, io gli
scriverei

Grazie

Davide

La prossima settimana provo a chiedere all’universit se c’ qualche
figura
che potrebbe essere interessata, altrimenti ti mando dei contatti un po
piu
a caso :slight_smile:
Il giorno 24/gen/2013 13.50, “Davide R.”
[email protected]
ha scritto:

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